Foi segundo a crítica, o pintor que melhor assimilou a herança do Realismo de Gustave Courbet e de Jean-François Millet.
Destacando-se como artista precoce em sua cidade natal, Itu, teve como primeiro incentivador o padre Miguel Correa Pacheco, que chegou a organizar uma coleta de fundos para fornecer condições para que o jovem artista, aos 19 anos de idade, pudesse embarcar para o Rio de Janeiro, a fim de completar seus estudos.
No ano de 1869, Almeida Júnior estudou na Academia Imperial de Belas Artes, sendo aluno de Jules Le Chevrel, Victor Meirelles e, possivelmente, Pedro Américo. O seu jeito simplório e linguajar matuto causavam espanto aos membros da Academia. Após concluir o curso, Almeida Júnior não se interessou em concorrer ao prêmio de viagem à Europa retornando a Itu onde abriu seu ateliê, passando a trabalhar como retratista e professor de desenho.
Em 1876, o Imperador D. Pedro II, se impressiona com trabalho do artista e lhe oferece o custeio de uma viagem a Europa, para aperfeiçoar seus estudos. Em 4 de novembro de 1876, Almeida Júnior embarca no navio Panamá rumo à França, fixando residência no bairro parisiense de Montmartre. Lá, matricula-se na École National Supérieure des Beaux-Arts.
Almeida Júnior participou de quatro edições do Salon de Paris, entre 1879 e 1882. Algumas de suas maiores obras-primas, como O Derrubador Brasileiro e Remorso de Judas (Salon de 1880), A Fuga para o Egito (Salon de 1881) e O Descanso do Modelo (Salon de 1882), datam desse período. Outras obras do período francês do pintor são Arredores de Paris e Arredores do Louvre, além de, possivelmente, um conjunto de dezesseis telas retratando o bairro de Montmartre, cuja localização é atualmente desconhecida.
Almeida Júnior permaneceu em Paris até 1882.
De volta ao Brasil em 1882, Almeida Júnior realiza sua primeira mostra individual na Academia Imperial de Belas Artes, exibindo sua produção parisiense. No ano seguinte, abre seu ateliê na rua da Glória, em São Paulo. Em São Paulo, Almeida Júnior promoveu vernissages exclusivas para a imprensa e potenciais compradores. Executou retratos de barões do café, de professores da Faculdade de Direito e de partidários do movimento republicano, além de paisagens e pinturas de gênero. Sua atuação como artista consagrado em São Paulo contribui decisivamente para o amadurecimento artístico da capital paulista.
Em 1884, o pintor recebe o título de Cavaleiro da Ordem da Rosa, concedido pelo governo imperial. No ano seguinte, recusa o convite de Victor Meirelles para ocupar sua vaga de professor de pintura histórica da Academia, permanecendo em São Paulo. Entre 1887 e 1896, realiza outras três viagens à Europa, a última delas em companhia de seu discípulo, Pedro Alexandrino, então agraciado com uma bolsa de estudos do governo paulista.
No seu último período, Almeida Júnior irá progressivamente substituir os temas bíblicos e históricos pelas obras de temática regionalista, justamente as que lhe granjeariam no futuro sua posição de precursor do Realismo na história da arte brasileira. Em pinturas como Caipira Picando Fumo (1893),Amolação Interrompida (1894) e O Violeiro (1899), o artista revela seu desejo de aproximar-se do cotidiano do homem do interior, distanciando-se das fórmulas generalistas da pintura acadêmica e aproximando-se cada vez mais da abordagem pictórica naturalista.
